يقع هذا المتحف بمصر القديمة داخل حدود حصن بابليون والذي توجد بقاياه خلف مبني المتحف وقد بدأ تشييده أيام الفرس ولكن حدثت عليه العديد من الإضافات في عهد الإمبراطوريين الرومانيين أغسطس وتراجان ثم أضاف إليه من جاء بعدهم من أباطرة الرومان. • ويجب الإشارة إلي دور العالم الفرنسي (ماسبيرو) والذي عمل علي جمع أعمال الفن القبطي وتخصيص قاعة لها في المتحف المصري. • وبعدها طالب مرقس باشا سميكة عام 1893م بأن تضم مجموعة الآثار القبطية إلي اهتمامات لجنة حفظ الآثار والفنون.